Wczesnym rankiem 26 października funkcjonariusze Biura Bezpieczeństwa Publicznego (BBP) przywieźli go służbowym samochodem do rodzinnego dystryktu Rongbacang w okręgu Kardze Tybetańskiej Prefektury Autonomicznej Kardze prowincji Sichuan. 24 października Gesze został przewieziony z Więzienia nr 3 Chuangdong w okręgu Tazhu do kliniki w Darcedo.

Gesze został aresztowany – w bieliźnie, boso – 25 października 1999 roku przez kilkunastu uzbrojonych funkcjonariuszy BBP. Przed siedzibą władz lokalnych w Rongbacangu zgromadziło się natychmiast około 3.000 Tybetańczyków, żądających jego bezwarunkowego zwolnienia. Następnego dnia do demonstrantów dołączyli mieszkańcy sąsiednich okręgów. Protest stłumiło kilkuset funkcjonariuszy BBP i żołnierzy Armii Ludowo-Wyzwoleńczej, otwierając ogień do tłumu. Władze zatrzymały wielu demonstrantów, których skazywano na kary więzienia lub grzywny. Jeden z nich, Cering Łangczuk, zmarł w areszcie śledczym.

Niemal półtora roku później, w marcu 2001 roku, Pośredni Sąd Ludowy w Kardze skazał Gesze Sonama Phuncoga na pięć lat więzienia za „podżeganie mas do separatyzmu”, „wyjazd do Indii na podstawie nabytego w Lhasie nielegalnego dokumentu w celu uzyskania audiencji u Dalajlamy i sfotografowania się z nim”, „wielokrotne nielegalne odprawianie ceremonii religijnych w okręgu Kardze” oraz „odprawianie modłów o długie życie Dalajlamy” w Rongbacangu.

Ojciec i krewni Gesze dwukrotnie odwiedzali go w więzieniu. Byli zaszokowani jego stanem zdrowia. Według ojca Gesze był wychudzony, półprzytomny i ledwie się poruszał. Wiarogodne źródła twierdziły, że podawano mu kroplówkę.