Jeśli idzie o doktrynę, szkoła wywodzi się od indyjskiego jogina Wirupy i Gajadhary, od którego Drogmi Szakja Jesze (992-1074) otrzymał Kalaczakry, Ścieżki i Owocu itd. (przed powrotem do Tybetu studiował on z wieloma innymi mistrzami). Jeden z jego głównych tybetańskich uczniów, Khon Konczok Gjalpo zbudował klasztor w prowincji Cang i nazwał go Sakja, “Szara Ziemia”. Jego szkoła wzięła nazwę od tej świątyni. Syn Khon Konczoka Gjalpo, wybitny nauczyciel Saczen Kunga Njingpo (1092-1158) był dzierżawcą linii tantr i sutr Aria Nagardżuny i Wirupy. Miał czterech synów: Kungabara, Sonama Cemo, Dziecyn Dakpę Gjalcena i Palczena Rinpocze. Sonam Cemo (1142-1182) zasłynął jako wielki uczony już w wieku szesnastu lat. Miał też liczne wizje bóstw medytacyjnych i doprowadził do urzeczywistnienia wielu uczniów. Dziecyn Dakpa Gjalcen otrzymał świeckie ślubowania celibatu i już jako dziecko odznaczał się wielką dojrzałością duchową. W wieku jedenastu lat po raz pierwszy udzielił nauk Hewadżry.

Głównym uczniem Dziecyna Dakpy Gjalcena był jego bratanek, syn Palczena z Opocze, słynny Sakja Pandita Kunga Gjalcen (1182-1251). Sakja Pandita studiował filozofię buddyjską i inne doktryny, logikę, sanskryt, poezję, astrologię i sztukę u wielu mistrzów z Indii, Nepalu, Kaszmiru i Tybetu. W wieku lat dwudziestu siedmiu spotkał kaszmirskiego panditę Śakja Śribhadrę i przyjął pełne ślubowania zakonne. Jego najważniejsze dzieła to Skarbnica logiki i pramany (Tsod-ma rigs-gter) oraz Różnice trzech ślubowań (sDom-gsum rab-dbye).

W 1244 roku Goden-chan, wnuk Czyngisa, zaprosił Sakja Panditę do złożenia wizyty w Mongolii i został jego uczniem. W 1253 roku następca Godena, Kubilaj-chan zaprosił na swój dwór bratanka Sakja Pandity, Drogona Czoegjala Phagpę, który stworzył nowy mongolski alfabet. Lama wywarł na chanie wrażenie na tyle silne, iż ogłosił on buddyzm religią państwową Mongolii. Podarował też Phagpie trzy prowincje Tybetu, czyniąc go w ten sposób pierwszym duchowym i politycznym władcą, rządzącym całym krajem. Po śmierci Phagpy na tronie zasiadł jego brat Czagna. Sakjapowie władali Tybetem przez ponad sto lat.

Tiszri Kunglo (1299-1327), najstarszy z piętnastu wnuków brata Sakja Pandity, ustanowił cztery dynastyczne domy: Żithong, Rinczen Gang, Lhakhang i Duczo. Do dziś przetrwały tylko dwa ostatnie. W XV wieku dynastia Duczo podzieliła się na dwie linie, nazywane pałacami: Dolma Phodrang i Phuncog Phodrang. Ich obecnym hierarchą jest Sakja Trizin.

Ngałang Kunga Thekczen Rinpocze (ur. 1945), głowa tradycji sakja, mieszka w Dehra Dun w Indiach, a Dagczen Rinpocze (ur. 1929) w Stanach Zjednoczonych. Khon Konczok Gjalpo ustanowił sukcesję dziedziczną; tradycyjnie na czele szkoły stoją stają, kolejno, głowy dwóch pałaców. Obecny hierarcha jest czterdziestym pierwszym dzierżawcą tronu.

Najważniejsi mistrzowie szkoły sakja to Saczen Kunga Njingpo (1092-1158), Sonam Cemo (1142-1182), Dakpa Gjalcen (1147-1216), Sakja Pandita Kunga Gjalcen (1182-1251) i Drogon Czoegjal Phagpa (1235-1280), nazywani Pięcioma Patriarchami Tradycji Sakja. Następnie wymienia się Sześć Klejnotów Tybetu: Jaktuka Sangje Pala i Rongtona Małe Sengje, którzy słynęli ze znajomości sutr, Ngorczena Kungę Zangpo i Zongpę Kungę Namgjala, mistrzów tantr, oraz Gorama Sonama Sengje i Szakja Czogdena, mistrzów sutr i tantr. Gorampa Sonam Sengje wprowadził do tradycji tej szkoły formalne studia logiki.

Podobnie jak w przypadku innych szkół buddyzmu tybetańskiego, w łonie tradycji sakja powstawały liczne podszkoły. Linia Ngorczena Kungi Zangpo (1382-1457) i jego następców, między innymi Konczoka Lhundrupa, Tharce Namkhi Pelsanga i Drubkhanga Paldena Dhondupa, nazywa się ngor, natomiast linia Carczena Losela Gjaco (1502-1556) – car lub linią szeptanego przekazu car. Doktryna tej ostatniej opiera się na trzynastu złotych pismach car, np. tajemnych doktrynach większego i mniejszego Mahakali, Wadżrajogini czy Dzambhali. Linię khon porównuje się do głównego pnia drzewa tradycji sakja, a ngorpę i carpę – do jego gałęzi, co daje w sumie trzy szkoły (Sa-Ngor-Tsar-gsum).

Najważniejsze nauki i praktyki szkoły sakja, lamdre (Lam-‘bras), Ścieżka i jej Owoc, mają doprowadzić adepta do osiągnięcia stanu Hewadżry. Stanowią one syntezę wszystkich ścieżek i owoców nauk ezoterycznych i egzoterycznych. Nauki lamdre pochodzą od indyjskich nauczycieli Wirupy, Awadhuti, Gajadhary i Śakjamitry, który był uczniem Nagardżuny. Do Tybetu przeniósł je Drogmi-Tłumacz, a jego następcy przekazują do dzisiaj. W czasach Muczena Sempy Czenpo Konczoka Gjalcena, ucznia Ngorczena Kungi Zangpo (1382-1457), przekaz lamdre podzielił się na dwie tradycje: Wyjaśnień dla bliskich uczniów (sLob-bshad) oraz zgromadzeń (Tshog-bshad). Punktem wyjścia filozofii ścieżki i jej owocu jest nierozdzielność samsary i nirwany. Adept nie może osiągnąć nirwany, spokoju, porzucając samsarę, cykl odrodzeń, ponieważ umysł jest korzeniem zarówno samsary, jak i nirwany. Przesłonięty zaciemnieniami, przybiera formę samsary, oczyszczony – nirwany. Adept musi urzeczywistnić ich nierozdzielność w medytacji.

W uniwersytetach klasztornych szkoły sakja studiuje się osiemnaście głównych traktatów, dotyczących doskonałości mądrości, dyscypliny monastycznej, poglądu środkowej ścieżki, fenomenologii, logiki i epistemologii, oraz pisma tradycji sakja: Skarbnicę logiki i pramany, Różnice trzech ślubowań, dzieła Gorampy Sonama Sengje i innych mistrzów. Po złożeniu końcowych egzaminów adept otrzymuje tytuł każipy, kaczupy lub rabdziampy. Główne praktyki tantryczne tej tradycji to Hewadżra, Czakrasamwara, Mahakala.

Do najważniejszych klasztorów szkoły sakja w Tybecie środkowym należą Nalanda w Phenpo, wzniesiona przez Rongtona Szedzia Kunriga, Lhakhang Czenmo Khona Konczoka Gjalpo, Cedom Sisum Namgjal Namkhi Taszi Gjalcena i Ngor Ewam Czodhen Ewama Kungi Zangpo. W Khamie słynęły Dhondup Ling i Lhundup Teng, a Deur Czode w Amdo. Większość odtworzono na wychodźstwie, w Indiach i Nepalu.