Guru Rinpocze intensywnie nauczał, przede wszystkim najwyższych klas tantry. Jego dwudziestu pięciu głównych uczniów – pierwszych tybetańskich adeptów buddyzmu – słynęło z niezwykłych właściwości. Namkhi Ningpo miał, na przykład, podróżować na promieniu światła, Khandro Jesze Cogjal ożywiać zmarłych, Wajroczana przepowiadać przyszłość, Nanam Jesze szybować po niebie, Kała Pelceg czytać w myślach, Dźniana Kumara posiadać magiczne moce itd.

Do Tybetu przybywali również inni mistrzowie buddyjscy z Indii: Wimalamitra, Buddhaguhja, Śantipa i Dharmakirti. W tym okresie najpopularniejsze były tajemne praktyki tantryczne, a nie studia nad logiką i filozofią buddyjską. Nawet tłumacze, tacy jak Wajroczana, Njag Dźniana Kumara czy Nubczen Sangje Jesze, pracowali nad przekładami ezoterycznych traktatów (np. Kun-byed rgyal-po, mDo-dgougs-‘dus czy cykl Mahamai) w wielkiej tajemnicy.

Widząc, że uczniowie nie są jeszcze gotowi na przyjęcie wielu nauk – lub że lepiej będą one służyć w innej epoce – Guru Padmasambhawa ukrył setki skarbów w formie pism, wizerunków i przedmiotów rytualnych, udzielając przy tym szczegółowych instrukcji, dotyczących sposobu ich ujawniania dla dobra przyszłych pokoleń. Później ponad stu mistrzów odkrywało owe skarby i przekazywało je swoim uczniom. Obok linii nauk tantrycznych istnieje więc linia skarbów; łączą się one z doktryną dzogczen, wielkiego spełnienia, której nauczali Garab Dordże, Śri Śimha, Guru Rinpocze, Dźniana Sutra, Wimalamitra i inni.

Szkoła ningma dzieli nauki buddyjskie na dziewięć pojazdów: trzy wspólne (słuchających, urzeczywistniających w samotności oraz bodhisattwów – obejmujące doktryny sutr, których nauczał Budda Śakjamuni), trzy tantry zewnętrzne (krija tantra służy przede wszystkim oczyszczeniu, kładąc nacisk na stosowne postępowanie i proste praktyki wizualizacyjne; upa tantra rozwija przymioty zewnętrzne i wewnętrzne poprzez utożsamienie z bóstwem medytacyjnym; joga tantra polega na rozwijaniu siły wewnętrznej według nauk Wadżrasattwy) oraz trzy tantry najgłębsze (mahajoga kładzie największy nacisk na fazę budowania, oczyszczając zwykłą percepcję i przywiązanie przy pomocy czystego widzenia i dumy bóstwa; annujoga koncentruje się na praktykach fazy spełniającej, w których ciało wadżry służy urzeczywistnieniu pierwotnej świadomości; atijoga pozwala adeptowi na całkowite przekroczenie zwykłego czasu i doświadczenia poprzez praktyki fazy budowania i fazy spełniającej, według nauk Buddy Samantabhadry). Sześciu pierwszych pojazdów nauczają wszystkie szkoły buddyzmu tybetańskiego; trzy ostatnie, tantry najgłębsze, są specjalnością tradycji ningma.

Subtelne różnice w prezentacji nauk dzogczen doprowadziły do wyłonienia się trzech podszkół: szkoły umysłu (Sems-sde) linii Śriśimhy i Wajroczany; szkoły środka (kLong-sde) linii Longde Dordże Zampy, Śriśimhy i Wajroczany oraz szkoły kwintesencji instrukcji (Man-ngag-sde) wywodzącej się bezpośrednio z linii kropli serca (sNying-thig) nauk Guru Padmasambhawy. Świeccy adepci ningmapy recytują modlitwy Padmasambhawy, świętują dziesiątego i dwudziestego piątego dnia kalendarza księżycowego itd. Wielu odbywa tradycyjne odosobnienie medytacyjne, które trwa trzy lata i trzy.

Historia powstania tantr mówi o trzech liniach. Linia intencji Buddy – to nauki ciała prawdy pierwotnego Buddy Samantabhadry, który miał udzielać tantrycznych instrukcji zgromadzeniu doskonale oświeconych istot, będących emanacjami samego ciała prawdy. Nauki te są więc poza zasięgiem zwykłych ludzi. Linia dzierżawców mądrości odnosi się do nauk ciała radości Wadżrasattwy i Wadżrapani, które w świecie ludzi jako pierwszy przekazywał Garab Dordże. Trafiły one do Tybetu za pośrednictwem Mandziuśrimitry, Śriśimhy, Guru Rinpocze, Dźniana Sutry, Wimalamitry i Wajroczany. Ostatnia, linia szeptana, to nauki ciała emanacji pięciu rodzin buddy. Jako pierwszy otrzymał je Śriśimha i przekazał Guru Rinpocze, ten zaś Wimalamitrze, dając początek linii przekazu, której nie przerwano do dziś. Te właśnie nauki otrzymują zwykli praktykujący, niemniej wielcy mistrzowie dzogczen mogą mieć instrukcje należące do dwóch pierwszych linii.

Inna tradycja mówi o sześciu liniach pochodzenia tantr, dodając linię zleconych instrukcji (bK’a-babs lung-bstan-gyi-brgyud-pa), linię doktryn skarbów tych, którzy mają szczęście (Las-‘phrn gter-gyi-brgyud-pa) oraz linię powierników, ustanowionych [mocą] modlitw (sMon-lam gtad-rgya’i-brgyud-pa).

Tantryczne pisma i przekazy ningmy dzieli się na trzy grupy: nauki ustne, skarby i wizje. Dalsze podziały obejmują tantry i inne pisma związane z cyklem mahajogi, rdzenne i wyjaśniające tantry cyklu annujogi oraz tantry cyklu atijogi i dzogczen.

Na przekaz skarbów składają się niezliczone teksty ukryte przez Guru Rinpocze w IX wieku lub otrzymane przez wielkich, oświeconych mistrzów podczas medytacyjnych wizji. Najważniejsi z setek odkrywców owych skarbów to Njangral Nima Yzer (1124-1192), Guru Czołang (1212-1270), Dordże Lingpa (1346-1405), Padma Lingpa (ur. 1405) i Dziamjang Khjence (1820-1892), nazywani pięcioma królami mistrzów skarbów.

Sto tysięcy tantr ningmy, zebranych przez Tertona Ratna Lingpę (1403-1473) i Kunkhjen Longczena Ramdziampę (1308-1363), obejmuje kanon buddyzmu mahajany (kangjur i tangjur) oraz wiele skarbów. Inne ważne dzieła tej tradycji to sześćdziesiąt tomów Rinczen Terdzod zebranych przez Kongtrula Jinten Giaco (1813-1899), pisma Rongzoma, Dodrupczena, Patrula i Miphama. Najstarszą świątynią ningmy jest klasztor Samje, zbudowany przez Śantarakśitę i Guru Rinpocze pod patronatem króla Trisong Decena. Następny duży klasztor wzniesiono dopiero w XII wieku. Czokpa Dziangczub Palden zbudował klasztor Neczung w Tybecie środkowym, a Ka Dampa Deszeg (1112-1192) klasztor Kathok w Khamie (1159).

W przeciwieństwie do innych szkół ningma bardzo długo nie była zinstytucjonalizowana. Dopiero w XV wieku pojawiły się wielkie uniwersytety klasztorne, takie jak Mindroling, powołany przez Rigzina Terdaga Lingpę, znanego też jako Minling Terczen Gjurme Dordże (1646-1714), i Dordże Drag, wzniesiony przez Rigzina Ngagi Łangpo w środkowym Tybecie w 1659 roku. W Khamie zbudowano Paljul (Rigzin Kunsang Szerab, 1665), Dzogczen (Dzogczen Pema Rigzin, 1685) i Żeczen (Żeczen Rabdziampa, 1735), a w Amdo Dodrupczen i Darthang.

Najważniejsze instytucje klasztorne odtworzono na wychodźstwie. Na czele szkoły ningma stoi obecnie Penor Rinpocze. Wśród wielkich mistrzów duchowych tej tradycji znajdują się, między innymi, Minling Triczen Rinpocze, Trulszik Rinpocze i Taglung Cetrul Rinpocze.